Und hier ist die Antwort:

Bei Einkommensteuerpflichtigen wird die Kirchensteuer - auch das Kirchgeld in glaubensverschiedener Ehe - im Rahmen der Vorauszahlungen festgesetzt und ist zu den Vorauszahlungsterminen (15.3., 15.6., 15.9., 15.12.) zu leisten. Die Veranlagung zur Kirchensteuer erfolgt durch die Finanzverwaltung.

Sind bei einem Einkommensteuerpflichtigen während des Jahres Kirchenlohnsteuern einbehalten worden, werden sie bei der der festgesetzten Kirchensteuer angerechnet.

In Bayern erfolgt die Verwaltung der Kirchensteuer (seit 1943) durch die Steuerämter der Kirchen. Die Finanzämter ziehen nur die Kirchenlohnsteuer vom Arbeitgeber ein.