Verwaltung der Kirchensteuer
Als eine kirchliche, d.h. eine der Kirche zustehende und auch von kirchlichen Stellen zu erhebende Abgabe, unterliegt die Kirchensteuer grundsätzlich kirchlicher Verwaltung. Die Kirchensteuergesetze aller Bundesländer eröffnen den Kirchen jedoch die Möglichkeit, die Verwaltung der Kirchensteuer auf die Landesfinanzbehörden (Finanzämter) zu übertragen. Für die Verwaltung der Kirchensteuer als Zuschlag zur Lohn-, Einkommen- und Kapitalertragsteuer wurde davon in allen Bundesländern - jedoch nicht von allen Religionsgemeinschaften - durch Abschluss entsprechender Vereinbarungen Gebrauch gemacht. Die evangelische und die katholische Kirche sowie einige kleinere Religionsgemeinschaften haben in allen Bundesländern entsprechende Verträge mit der Finanzverwaltung abgeschlossen.
Die Verwaltung der Kirchensteuer als Zuschlag zur Lohn-, Einkommen- und Kapitalertragsteuer durch die Finanzämter ist nahezu umfassend. Sie reicht vom Einzug der von den Arbeitgebern abzuführenden Kirchenlohnsteuer, der Festsetzung und Erhebung bis letztendlich zur Beitreibung. Dies gilt auch für die Kirchensteuer als Zuschlag zur Kapitalertragssteuer.
Einschränkungen für die Finanzämter bestehen hinsichtlich der Entscheidung über Stundungs- und Erlassanträge und über außergerichtliche Rechtsbehelfe. Hier haben sich die Kirchen die allein die Kirchensteuer betreffenden Entscheidungen vorbehalten. In Bayern erfolgt die Verwaltung der Kirchensteuern generell nicht durch die Finanzämter, sondern durch die bereits 1942 eingerichteten evangelischen und katholischen Kirchensteuerämter. Lediglich der Einzug der Kirchenlohnsteuer und der Kirchensteuer als Zuschlag zur Kapitalertragsteuer obliegt der Finanzverwaltung.
Für die Verwaltung der Kirchensteuer durch die Finanzämter entrichten die Religionsgemeinschaften eine Verwaltungskostenentschädigung. Sie liegt - je nach Bundesland - zwischen 2 Prozent und 4 Prozent des Aufkommens der Kirchensteuer. Diese Aufwendungen sind angemessen, da die Kirche hierfür keine eigene Verwaltung einrichten und unterhalten muss. Das Verfahren entspricht insgesamt dem kostenbewussten und effizientem Verwaltungshandeln der Kirchen.